为了推动巴以和谈,巴民族权力机构2003年3月进行改革,设立了总理职位。然而,随着巴以冲突再度紧张,以色列再次把责任归咎于阿拉法特。9月11日,安全内阁以阿拉法特是“和平绊脚石”为由,决定“原则上”将阿拉法特驱逐出巴勒斯坦。以政府官员甚至声称,杀死阿拉法特也是一种选择方案。2004年以后,以色列政府不断向阿拉法特发出威胁。继哈马斯领导人亚辛(Sheikh Ahmed Yassin)及兰提西被“定点清除”后,以高级官员曾多次在公开场合暗示,阿拉法特可能成为下一个袭击的目标。沙龙也多次宣称不再遵守与美国商定的不伤害阿拉法特的承诺。9月22日,沙龙表示将在适当时机用对付亚辛和兰提西的手法对付阿拉法特。2004年10月27日,其健康状况出现恶化。在以色列方面的允许下,阿拉法特29日取道约旦前往巴黎就医。不过不到一个月时间,阿拉法特就突然死亡了,当时关于阿拉法特被暗杀的消息也曾传出,但是并没有实际的证据支持。